Agencija je zoper upravljavca javne železniške infrastrukture (v nadaljevanju: upravljavec JŽI) vodila upravni postopek, ki se je začel na podlagi pritožbe prevoznika v železniškem tovornem prometu A.B. d.o.o. zaradi zaustavitve vlaka št. 40747 dne 13. 2. 2025. Po umiku pritožbe se je postopek nadaljeval po uradni dolžnosti zaradi ugotovljenih sistemskih pomanjkljivosti pri vodenju prometa proti postaji Koper tovorna in nadzoru nad delom prevoznikov.
Agencija je ugotovila, da je upravljavec JŽI ob zadržanju vlaka prevoznika na postajah Logatec in Prestranek ravnal diskriminatorno in mu onemogočil pravočasen dostop na postajo Koper tovorna ter na industrijske tire pomorskega terminala Luke Koper, kljub dodeljeni redni vlakovni poti in zagotovljenemu sprejemu. Razlog za nesprejem vlaka je bila ugotovitev upravljavca JŽI, da prevoznikov predhodni vlak že zaseda tire prve tirne skupine postaje Koper tovorna, s čimer je prevoznik A.B., glede na sprejeto delitev tirnih kapacitet na postaji Koper tovorna, formalno izkoristil dodeljene kapacitete. Po izvedenem upravnem postopku je agencija ugotovila, da je upravljavec JŽI v obdobju zadržanja vlaka prevoznika A.B., omogočil drugemu prevozniku B.B. sprejem določenih vlakov neposredno na tire druge tirne skupine postaje Koper tovorna, ki niso predvideni za neposreden sprejem vlakov, prav tako pa upravljavec JŽI pri izračunu izkoriščenosti kapacitet ni upošteval tirov, ki jih je prevoznik B.B. zasedal z odstavljenimi vagoni svojih vlakov, s čimer je omogočil prevozniku B.B. prekoračitev dodeljenih kapacitet, glede na sprejeto delitev tirov na postaji Koper tovorna.
Prav tako je agencija ugotovila, da upravljavec JŽI nima vzpostavljenega ustreznega nadzora nad delom prevoznikov in izvajalcev premika na postaji Koper tovorna. Upravljavec JŽI, ki je hkrati upravljavec postaje Koper tovorna, ni bil vključen v sestavo dnevnega Plana sprejema in odprave vlakov na postaji Koper tovorna, ki ga sestavlja prevoznik B.B., ki je hkrati izvajalec premika na postaji Koper tovorna. Same omejitve kapacitet postaje Koper tovorna, pa hkrati narekujejo tudi ustrezen, zakonsko predpisan, nadzor nad delom prevoznikov na postaji Koper tovorna. Nadalje je agencija v postopku ugotovila, da so tire postaje Koper tovorna zasedali tudi vlaki, ki niso bili vključeni v Plan sprejema in odprave vlakov postaje Koper tovorna ali celo ne v Skupni plan dela z železniškimi vagoni upravljavca pomorskega terminala. Do teh situacij je prišlo predvsem zato, ker so odločitve upravljavca JŽI pri vodenju prometa v ugotovljenih primerih temeljile na nepreverjenih podatkih izvajalca premika in drugih prevoznikov.
Z odločbo je bilo upravljavcu JŽI naloženo, da mora v 15 dneh od vročitve odločbe določiti pogoje za nediskriminatoren neposredni uvoz vlakov na izvozno tirno skupino (20-37) ob upoštevanju veljavne brzojavke o delitvi tirov med prevoznike v železniškem tovornem prometu. Nadalje je bilo naloženo, da mora v 30 dneh od prejema odločbe sprejeti ustrezne organizacijske in kadrovske ukrepe ter vzpostaviti lasten plan sprejema in odprave vlakov na in iz postaje Koper tovorna z namenom zagotovitve celovitega nadzora nad prevozniki na postaji Koper tovorna, katere upravljavec je. Prav tako je moral upravljavec JŽI v istem roku prilagoditi vodenje prometa tako, da njegove odločitve ne bodo temeljile na nepreverjenih podatkih prevoznikov ter preprečiti sprejem vlakov na postajo Koper tovorna, v kolikor niso vključeni v Skupni plan dela z železniškimi vagoni Luke Koper in v Plan sprejema in odprave vlakov postaje Koper tovorna, ki ga pripravlja izvajalec premika. Ob tem je bilo upravljavcu JŽI naloženo tudi, da mora ob neskladnosti planov izvajalca premika, Skupnega plana dela z železniškimi vagoni upravljavca pomorskega terminala in dodeljeno vlakovno potjo, aktivno ugotoviti dejansko stanje ter šele na podlagi tako ugotovljenih dejstev in okoliščin sprejeti ustrezno odločitev o vodenju prometa posameznega vlaka.